Vaasan yliopisto on itsenäinen julkisoikeudellinen yhteisö, jonka toimintaa ohjaavat yliopistolaki, yliopiston sisäinen johtosääntö sekä muut Vaasan yliopiston hallituksen vahvistamat säännöt.
Vaasan yliopiston ylin päättävä toimielin on hallitus, jonka valitsee vaaleilla valittu yliopistokollegio. Vaasan yliopiston toimintaa johtaa hallituksen valitsema rehtori. Tässä tehtävässä rehtoria tukee johtoryhmä, jonka muodostavat puheenjohtajana toimiva rehtori ja dekaanit. Rehtori voi kutsua johtoryhmään myös muita jäseniä.
Tutkimuksen ja opetuksen järjestämistä varten Vaasan yliopistossa on kolme tiedekuntaa, jotka ovat filosofinen tiedekunta, kauppatieteellinen tiedekunta ja teknillinen tiedekunta. Tiedekunnan hallinnosta vastaavat kunkin tiedekunnan tiedekuntaneuvosto ja dekaani.
Vaasan yliopiston erillislaitoksia ovat Levón-instituutti ja Tritonia. Erillislaitoksen toimintaa johtaa ja valvoo tehtävään nimitetty johtaja.
Vaasan yliopiston tiedekunnille tarjoamat hallinnolliset palvelut tuottaa Yliopistopalvelut-yksikkö.
Organisaatiokaavio pdf-muodossa
